在長期待攤費用方面，條例中無論是在定性規定還是定量規定上都適當放松了限制。在第六十八條中，將企業所得稅法第十三條第(一)項和第(二)項所稱固定資產的改建支出，明確為“是指改變房屋或者建筑物結構、延長使用年限等發生的支出”。那么，企業對折舊期屆滿或經營租入固定資產進行簡易維護、粉刷之類而發生的費用便不再強求長期攤銷。在第六十九條中，將企業必須長期待攤的固定資產大修理支出，明確應“同時”符合兩個條件，其中第一個條件為修理支出應達到取得固定資產時的計稅基礎50%以上，而國稅發[2000]84號文中規定的比例為20%，且在若干條件中只要符合條件之一即須長期待攤。不過，如果企業尚未折舊期滿的固定資產進行改建而發生的支出，應該按條例第五十八條(六)項的規定增加固定資產計稅基礎。條例第七十條規定：企業所得稅法第十三條第(四)項所稱其他應當作為長期待攤費用的支出，自支出發生月份的次月起分期攤銷，攤銷年限不得低于3年。此類費用一般是指開辦費等，原稅法規定要求分5年攤銷，且攤銷起點為“開始生產、經營的次月起”。
　　關于生物資產，應注意的是普通企業的綠化費不屬于生產性生物資產，不應資本化并加以折舊。
　　7、企業之間的管理費及企業內部費用結算等。條例第四十九條規定：“企業之間支付的管理費、企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業內營業機構之間支付的利息，不得扣除”。這一規定終止了原內資企業經稅務機關批準可向集團內總公司上交管理費的政策，今后，企業之間如果確實相互提供勞務、共享資源的，應按獨立企業的交易原則結算價款。這一規定也改變了原稅法中外商投資企業總機構可向分支機構分解費用方面的規定。
　　8、捐贈支出。新法及條例中對公益性捐贈的定性、扣除比例、限額計算基數、公益性社會團體特征、受贈國家機關的級次等都作了統一。在實務中，應注意稅務機關要求使用捐贈專用收據的問題。
　　三、稅基式、稅率式、稅額式優惠：主次分明而又目標一致
　　新法中突出了對特定產業和項目給予稅收優惠的政策導向，逐步弱化地區優惠，統一了內外資企業的稅收優惠，條例在此方面又作了諸多具體規定。納稅人在適用新稅收優惠政策時應注意如下幾點：
　　1、新法及條例規定的稅率優惠是針對納稅人的，能否享受這些優惠稅率，企業應進行身份認定，“對號入座”。如符合條件的國家需要重點扶持的高新技術企業適用15%的稅率;符合條件的小型微利企業適用20%的稅率;而非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，可就其來源于中國境內的所得按10%的優惠稅率繳納企業所得稅。只要符合規定條件，“企業”便是優惠的對象，整個企業的相應所得都按優惠稅率計稅。