2009年重點創(chuàng)新項目繼續(xù)體現科學發(fā)展觀和構建和諧社會的要求，注重解決當前市場急需和產業(yè)升級的關鍵技術問題，加大對國家十大重點振興產業(yè)尤其是紡織輕工等行業(yè)具有帶動作用的關鍵技術、關鍵創(chuàng)新產品的支持；加強對能源、資源、環(huán)境、衛(wèi)生健康、公共安全等領域關鍵技術創(chuàng)新的支持；加快推進科技創(chuàng)新成果的市場轉化，尤其是前瞻性、戰(zhàn)略性產業(yè)項目的培育；必須符合《指南》的支持方向和范圍，對于《指南》中明確提出的“本年度重點創(chuàng)新項目優(yōu)先支持的內容”給予優(yōu)先支持。
重點創(chuàng)新項目采用無償資助方式，資助金額為100－200萬元。申報工作由推薦單位負責。推薦單位根據重點創(chuàng)新項目申報條件將地方重點支持的項目推薦給管理中心，可采取先行申報后立項支持的方式，地方支持額度不低于創(chuàng)新基金支持數額的60%。
重點創(chuàng)新項目的申報條件：
1. 企業(yè)職工人數不超過500人；年營業(yè)收入不超過30000萬元；資產總額不超過30000萬元；至少有三年的運營時間。
2. 符合《項目指南》規(guī)定的支持方向，其中符合重點創(chuàng)新項目支持方向優(yōu)先；項目技術領域是國家及地方重點或急需發(fā)展的領域，與產業(yè)或行業(yè)關聯度很大，對產業(yè)或行業(yè)的發(fā)展影響較大；
3. 技術含量高，創(chuàng)新性強，有自主知識產權，優(yōu)先支持已獲得發(fā)明專利的項目；
4. 企業(yè)具有較高的成長性，3年的營業(yè)收入增長率不低于150%，最近一年的營業(yè)收入增長率不低于50%，加權平均凈資產收益率不低于10%，在被分析的三個年度中，第一年企業(yè)營業(yè)收入不少于1000萬元；
（2009年申報企業(yè)3年的銷售收入增長率=（2008年度企業(yè)銷售收入-2006年度企業(yè)銷售收入）÷2006年企業(yè)銷售收入×100 %；加權平均凈資產收益率=2008年度凈利潤÷2008年度平均凈資產×100%）
5. 市場前景好、經濟社會效益顯著，有較大的影響力和顯示度；
6. 企業(yè)已獲得過創(chuàng)新基金支持，且項目驗收合格；已獲得過創(chuàng)業(yè)投資或風險投資的優(yōu)先支持。
7．企業(yè)需提交經會計師事務所（或審計師事務所）審計的企業(yè)2006年度、2007年度、2008年度的會計報表和相應的審計報告（含會計師事務所營業(yè)執(zhí)照、注冊會計師證書的復印件），申報前最近一個月的會計報表。
重點創(chuàng)新項目評審除采取專家“背對背”集中評審方式外，部分項目還要進行答辯或現場考察。未列入重點創(chuàng)新項目支持的，不作為一般項目立項。
申報截止時間為2009年6月15日。
（四）西部欠發(fā)達地區(qū)專項試點
2009年將在對西藏、青海、寧夏、新疆、貴州、廣西省區(qū)試點的基礎上，增加對甘肅、云南、內蒙古等西部欠發(fā)達地區(qū)的試點工作。西部欠發(fā)達地區(qū)專項試點單位應根據本地區(qū)的資源、產業(yè)特色，制定三年發(fā)展規(guī)劃，經管理中心審核后，從確定的支持范圍內提出申報項目，管理中心將根據此類項目的特點制定評價指標體系。